Ustawa z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym (Dz.U. Nr 183, poz. 1353, z późn. zm.), reguluje opodatkowanie podatkiem tonażowym niektórych dochodów (przychodów) osiąganych przez przedsiębiorców żeglugowych eksploatujące morskie statki handlowe w żegludze międzynarodowej. Opodatkowanie w tej formie następuje na wniosek przedsiębiorcy złożony do właściwego naczelnika urzędu skarbowego. Okres opodatkowania podatkiem tonażowym wynosi 10 lat.

Przy wyborze tej formy opodatkowania, dochody (przychody) opodatkowane podatkiem tonażowym nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym.

Opodatkowaniu podatkiem tonażowym podlegają przedsiębiorcy żeglugowi prowadzący działalność polegającą na świadczeniu usług w żegludze międzynarodowej, z wykorzystaniem statków o pojemności brutto (GT) powyżej 100 jednostek każdy, w zakresie:

1)   przewozu ładunku lub pasażerów – z tym, że w przypadku usług świadczonych przez:

a)   holownik – co najmniej 50% czasu pracy faktycznie wykonywanej w ciągu roku stanowi przewóz ładunku lub pasażerów drogą morską,

b)   pogłębiarkę – co najmniej 50% czasu pracy faktycznie wykonywanej w ciągu roku stanowi przewóz wydobytego materiału drogą morską,

2)   ratownictwa pełnomorskiego.

Ponadto opodatkowaniu może podlegać inna działalność ściśle wskazana w ustawie, np. dzierżawy i użytkowania kontenerów, prowadzenia działalności załadunkowej, rozładunkowej i naprawczej, czy prowadzenia terminali pasażerskich, pod warunkiem, że jest związana ze świadczeniem wyżej wymienionych usług.

Podstawę opodatkowania podatkiem tonażowym stanowi dochód przedsiębiorcy żeglugowego, odpowiadający iloczynowi dobowej stawki (uzależnionej od pojemności netto statku) oraz okresu eksploatacji w danym miesiącu wszystkich statków przedsiębiorcy, z których dochód opodatkowany jest podatkiem tonażowym.

Podatek tonażowy wynosi 19% podstawy opodatkowania i jest płatny za okresy miesięczne. Przedsiębiorcy żeglugowi są także obowiązani złożyć w urzędzie skarbowym, zeznanie o wysokości podatku tonażowego należnego za dany rok podatkowy do dnia 31 stycznia roku następnego.

Wyboru opodatkowania podatkiem tonażowym można dokonać w okresie obowiązywania pozytywnej decyzji Komisji Europejskiej o zgodności podatku tonażowego z rynkiem wewnętrznym.