Kiedy brak dowodów na to, iż doszło do wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów (WDT) i sprzedane artykuły dotarły faktycznie do kupującego w innym kraju UE, sprzedawca w Polsce musi odznaczyć w ewidencji oraz deklaracji podatkowej podatek w takiej stawce, jaka należałaby się od transakcji danych towarów przy ich zbyciu na terenie naszego państwa.

Wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów ulega opodatkowaniu zerową stawką VAT, jak wskazuje art. 42, ust. 1 ustawy o VAT (Dz. U. 2011, nr 177, poz. 1054 ze zm.). Jeśli dojdzie do odbioru towaru i jego potwierdzenie dotrze do sprzedawcy w danym okresie rozliczeniowym, może on od razu rozliczyć sprzedaż  z   0 % VAT. Jeżeli jednak nie ma jeszcze potwierdzenia dostawy, to podatnik zobowiązany jest do tego, by wykazać transakcję ze stawką krajową (w zależności od towarów może być nawet 23 %) w ewidencji, ale i deklaracji podatkowej.

Jak nakazuje art. 42, ust. 12 i 13 ustawy o VAT, w przypadku braku skompletowanych dowodów na dostarczenie towarów do kupującego, nim minie termin składania deklaracji w danym okresie rozliczeniowym, podatnik nie ma obowiązku jeszcze wykazywać transakcji.  Powinien już jednak wprowadzić ją do ewidencji za następny okres  stosując stawkę obowiązująca dla wymiany handlowej w Polsce. Możliwość skorygowania stawki do zerowej pojawia się z chwilą uzyskania kompletu potwierdzeń dotyczących handlu wewnątrzwspólnotowego.

Aby firma mogła skorzystać z zerowego oprocentowania transakcji wewnątrzwspólnotowych musi:

1. Zawrzeć umowę sprzedaży z zagranicznym kontrahentem, który posiada właściwy i aktualny nr NIP nadany przez państwo członkowskie UE, jakiego jest rezydentem
2. Zebrać potwierdzenia na to, iż towary będące obiektem transakcji WDT wywieziono z Polski i zostały odebrane przez nabywcę na terenie innego kraju Unii Europejskiej
3. Zostać zarejestrowana jako podatnik VAT – UE.

Najczęstszą przeszkodą do zgodnego z prawem naliczenia zerowej stawki jest brak kompletu dokumentów potwierdzających dostarczenie towarów do nabywcy.

W stosunku do przedsiębiorstw, które naliczają VAT w stawce 0 %  nieposiadając stosownych potwierdzeń, może zostać wszczęte postępowanie podatkowe. Muszą one uiścić odsetki od niezapłaconego podatku za okres od miesiąca, w którym firma zobowiązana była do ewidencjonowania i zadeklarowania transakcji sprzedaży zgodnie ze stawką krajową, a dniem, w którym zgromadzono wszystkie niezbędne dokumenty, co umożliwia rozliczanie się z przynależną WDT stawką zerową. Jest poza tym ewentualność zastosowania kar zgodnie z kodeksem karnoskarbowym.

Powyższe stanowisko przedstawił NSA w uchwałach, jakie podjął w poszerzonym składzie (siedmiu sędziów).

Uchwała sygn.. I FPS 4/13 – dotyczyła stanu prawnego, jaki obowiązywał przed 1 grudnia 2008

Uchwała sygn.. I FPS 5/13 – dotyczyła stanu od 1 grudnia 2008 roku do nadal.