NIP nie jest już identyfikatorem podatkowym dla wszystkich. Na podatniku spoczywa odpowiedzialność za wybór odpowiedniego dla niego identyfikatora.

Identyfikatory podatkowe używane obecnie, to:

• PESEL – dla podatników, którzy są osobami fizycznymi obejmowanymi przez rejestr PESEL, nie prowadzą działalności gospodarczej, albo nie są zarejestrowanymi podatnikami VAT.
• NIP – dla wszystkich innych podmiotów, które podlegają obowiązkowi ewidencyjnemu.

Prawidłowy wybór identyfikatora jest niezwykle ważny – zwłaszcza przy składaniu deklaracji drogą elektroniczną bez kwalifikowanego e-podpisu, ponieważ bezpośrednio wpływa na ilość i rodzaj wyświetlanych pól do wypełnienia w uzupełnianym formularzu. Wpisanie numeru NIP w przypadku, kiedy jest on niewłaściwym identyfikatorem dla danego podatnika może spowodować odrzucenie deklaracji przesyłanej internetem.

Zeznanie podatkowe wysłane pocztą z wpisanym błędnie numerem NIP (literówka), lub nieodpowiednim identyfikatorem (zamiast numeru PESEL wprowadzony NIP) zostanie uznane za złożone z błędem, chociaż w terminie i będzie wymagać złożenia korekty wraz z pisemnym uzasadnieniem powodów dokonywania zmian.