Organami podatkowymi w zakresie akcyzy, zgodnie z art. 14 ustawy, są naczelnicy urzędów celnych i dyrektorzy izb celnych. Zasadą jest, że właściwość miejscową organów podatkowych ustala się ze względu na miejsce wykonywania czynności lub wystąpienia stanu faktycznego, podlegających opodatkowaniu.

Od ww. zasady ustawa przewiduje jednak szereg wyjątków, i tak jeżeli czynności podlegające opodatkowaniu są wykonywane na terenie właściwości miejscowej dwóch lub więcej organów podatkowych, właściwość miejscową określa się dla:

• osób prawnych oraz jednostek organizacyjnych niemających osobowości prawnej – ze względu na adres ich siedziby,
• osób fizycznych – ze względu na adres ich zamieszkania.

Niezależnie od powyższego wskazać należy, że w sytuacjach:

• ustalania norm dopuszczalnych ubytków wyrobów akcyzowych lub dopuszczalnych norm zużycia wyrobów akcyzowych;
• przemieszczania wyrobów akcyzowych z zastosowaniem procedury zawieszenia poboru akcyzy;
• powiadamiania naczelnika urzędu celnego przez podmiot prowadzący skład podatkowy o zamiarze wyprowadzenia wyrobów akcyzowych ze składu podatkowego;

– właściwość miejscową ustala się ze względu na miejsce wykonywania czynności lub występowania stanów faktycznych podlegających opodatkowaniu akcyzą, z którymi związane są ww. czynności.

W sposób szczególny uregulowana została również właściwość organów podatkowych w przypadku saldowania zabezpieczeń akcyzowych. I tak właściwość miejscową organu podatkowego w sprawach odnotowania obciążenia lub zwolnienia zabezpieczenia generalnego z obciążenia ustala się ze względu na miejsce dokonania czynności lub wystąpienia stanu faktycznego, stanowiących podstawę do tego odnotowania. Z kolei w przypadku gdy zobowiązanie podatkowe wygasa na skutek jego zapłaty, organem właściwym do odnotowania zwolnienia zabezpieczenia generalnego z obciążenia jest naczelnik urzędu celnego, któremu podatnik składa deklarację podatkową.

W przypadku importu lub wysłania wyrobów z zastosowaniem procedury zawieszenia poboru akcyzy z miejsca importu organami podatkowymi w zakresie akcyzy są naczelnik urzędu celnego i dyrektor izby celnej właściwy, na podstawie przepisów prawa celnego, do obliczenia i zaksięgowania kwoty należności celnych wynikających z długu celnego.

Z kolei w przypadku osób fizycznych, które dokonują nabycia wewnątrzwspólnotowego, z wyjątkiem nabycia w ramach prowadzonej działalności gospodarczej, organami podatkowymi są naczelnik urzędu celnego i dyrektor izby celnej właściwi ze względu na adres zamieszkania tych podatników.

Natomiast w sytuacji ubiegania się o zwrot podatku akcyzowego właściwym organem podatkowym jest ten organ, u którego dokonano rozliczenia i zapłaty akcyzy.

Jeżeli nie można ustalić właściwości według ww. sposobów właściwym organem podatkowym jest Naczelnik Urzędu Celnego I w Warszawie i Dyrektor Izby Celnej w Warszawie.

Organami właściwymi w zakresie spraw dotyczących znaków akcyzy zgodnie z art. 15 ustawy są naczelnik urzędu celnego i dyrektor izby celnej, wyznaczeni przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych, których właściwość miejscową ustala się ze względu na adres siedziby lub zamieszkania podmiotu obowiązanego do oznaczania wyrobów akcyzowych znakami akcyzy. Jeżeli nie można ustalić właściwości miejscowej w ten sposób właściwym naczelnikiem urzędu celnego w sprawach znaków akcyzy i właściwym dyrektorem izby celnej w sprawach znaków akcyzy jest Naczelnik Urzędu Celnego II w Warszawie i Dyrektor Izby Celnej w Warszawie.