Minister Finansów, Jan Vincent-Rostowski, przyznał, że zgodnie z obowiązującą do 30 czerwca 2011 ustawa o CIT (Dz. U. 2011, nr 74, poz. 397 ze zmianami) Niepubliczne Zakłady Opieki Zdrowotnej mogły korzystać ze zwolnienia z podatku jak to przewidywał art. 17, ust.1, pkt 4 w/w ustawy dla podmiotów, w których statucie przewidzianym celem jest działalność lecznicza , w zakresie obejmującym tę działalność. Ustawa przewidywała zwolnienie dla podmiotów niebędących spółkami.

Tymczasem ustawa o ZOZ obowiązująca do końca 2011 (Dz. U. 2007, nr 14, poz. 89 ze zmianami) uznawała, że NZOZ to jednostki odrębne w stosunku do tworzących je podmiotów (np. spółek kapitałowych), a zatem jako oddzielne, niemające osobowości prawnej, posiadające wydzieloną strukturę organizacyjną, majątek i przedmiot działania były zupełnie odrębnymi podatnikami CIT, w związku z czym mogły korzystać ze zwolnienia z podatku.

W owym czasie organy skarbowe nie zgadzały się z takim stanowiskiem, co często było podważane przez sądy administracyjne w wyrokach z:

• 8 października 2008 (IFSK 978/07)
• 13 października 2011 (FSK 682/10)
• 5 kwietnia 2012 (FSK 1828/10)
• 26 kwietnia 2012 (IIFSK 1937/10)
• 27 sierpnia 2013 (FSK 2501/11)

Nie sposób jednak nie zauważyć, że ministerstwo nie nawiązało wcale do obecnej ustawy o działalności leczniczej (Dz. U. 2013, poz. 217), która nie mówi o zakładach opieki zdrowotnej, lecz wskazuje przedsiębiorstwa podmiotów leczniczych. W związku z tą zmianą, nie dalej jak w zeszłym miesiącu, Resort Finansów stwierdzał, iż niepubliczne placówki medyczne nie mogą korzystać ze zwolnienia z podatku w oparciu o art. 17, ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.