W czerwcu NSA uchwalił, że jednostki budżetowe nie są odrębnymi podatnikami VAT. W grudniu zwrócił się tymczasem z zapytaniem do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, czy jednak w pewnych sytuacjach mogą być one traktowane jako niezależne od gminy. Teraz sprawa jednostek budżetowych pozostaje w zawieszeniu.

Jeśli Trybunał Sprawiedliwości UE potwierdzi założenie uchwały Najwyższego Sądu Administracyjnego podjętej w czerwcu 2013, będzie to oznaczać połączenie jednostek budżetowych danej gminy w jedną całość ze względu na rozliczenie VAT. W skrajnych przypadkach może to się wiązać z wspólnym rozliczaniem (pod jednym numerem NIP) nawet kilkuset jednostek budżetowych – w Gdańsku będzie to 208, w Łodzi 405, a w Warszawie 963 jednostki budżetowe. Samorządowcy zwracają uwagę, że takie rozwiązanie pociągnie za sobą gigantyczne wydatki wynikające ze zmiany procedur, oprogramowania komputerowego i niezbędnych szkoleń dla pracowników.

Koszty dla samorządów wynikać też będą z faktu, że dotąd wiele jednostek budżetowych ze względu na niewielkie obroty (poniżej 150 tysięcy zł rocznie) korzystało ze zwolnienia od podatku VAT. Przy złączeniu w jedną całość dla potrzeb rozliczeń siłą rzeczy utracą one możliwość uzyskania zwolnienia, gdyż przekroczą wspólnie próg limitu.

Na razie gminy rozliczać się będą po staremu, tak orzekł minister finansów po tym, jak w grudniu NSA skierował zapytanie do unijnego Trybunału Sprawiedliwości. Póki nie poznamy jego decyzji, samorządy trwają w zawieszeniu.